Valoarea contabilă a căii ferate a Republicii Moldova nu este trecută în evidențele statului.
Un raport de audit al Curții de Conturi a dezvăluit că infrastructura feroviară și terenurile aferente în valoare de peste 4,1 miliarde de lei (aproximativ 800 milioane RON) nu sunt înregistrate în bazele de date ale statului, potrivit bani.md. Aceste constatări sunt rezultatul unei verificări a situațiilor financiare consolidate ale Ministerului Infrastructurii și Dezvoltării Regionale.
De asemenea, raportul a evidențiat că drumurile naționale și loturile de pământ, proprietate publică a statului în valoare de 22,9 miliarde de lei (4,58 miliarde lei), sunt reflectate doar în evidența contabilă a Administrației de Stat a Drumurilor. Evidențele contabile ale ministerului sau ale Agenției Proprietății Publice nu includ aceste informații, ceea ce duce la o subestimare a valorii drumurilor publice în raportul Guvernului privind executarea bugetului de stat.
În plus, raportul a dezvăluit că 60 de milioane de lei, realocați de la Programul de drumuri la Programul de dezvoltare a transportului feroviar pentru reabilitarea terasamentului liniei de cale ferată între Cahul și Giurgiulești, nu au fost utilizați în scopul propus. Banii au fost investiți în valori mobiliare de stat, lăsând terasamentul căii ferate într-o stare nereabilitată.